Praegune kaitseala pindala on 34220ha ulatudes Tartu, Jõgeva ja Viljandi maakonda. Looduskaitseala põhieesmärgiks on ulatuslikul alal ökosüsteemide loodusliku mitmekesisuse kaitse, tagades võimalikult suurel osal kaitsealast metsa- ja sookoosluste loodusliku arengu ja niidukoosluste püsimise ning kaitsealuste liikide ja elupaikade kaitse.
Alam-pedja looduskaitseala kaitse-eeskirjaga, mis on kinnitatud Vabariigi Valitsese 18.mai 2007 määrusega nr153. Kaitse-eeskirjaga saab tutvuda Riigi Teataja interneti aadressil.