Alam-Pedja looduskaitseala asub endises Võrtsjärve nõos, veel 7500 - 10000 aastat tagasi oli praegune soomaastik suures osas kaetud veega. Kaitseala piiridki kulgevad valdavalt mööda suuremaid veesooni: lõunast piirab teda Emajõe luha lõunaserv, idast Laeva jõgi, põhjast aga Pedja, Umbusi ja Pikknurme jõed ning läänest Pede ja Põltsamaa jõgi.

Praegune kaitseala pindala on 34220ha ulatudes Tartu, Jõgeva ja Viljandi maakonda. Looduskaitseala põhieesmärgiks on ulatuslikul alal ökosüsteemide loodusliku mitmekesisuse kaitse, tagades võimalikult suurel osal kaitsealast metsa- ja sookoosluste loodusliku arengu ja niidukoosluste püsimise ning kaitsealuste liikide ja elupaikade kaitse.

Alam-pedja looduskaitseala kaitse-eeskirjaga, mis on kinnitatud Vabariigi Valitsese 18.mai 2007 määrusega nr153. Kaitse-eeskirjaga saab tutvuda  Riigi Teataja interneti aadressil.